Emil Ducu Ninu a început fotbalul profesionist la FC Național. A jucat apoi pentru Progresul, după care a semnat cu Steaua, în iulie 2007.
Emil Ducu Ninu, la AS.ro LIVE
Ducu Ninu nu s-a impus însă ca titular la formația roș-albastră și a fost împrumutat în mai multe rânduri, la echipe precum Gloria Buzău, Gloria Bistrița și Farul.
După ce a plecat definitiv de la Steaua, Ducu Ninu a semnat cu Viitorul lui Gică Hagi, în 2010, și i-a ajutat pe constănțeni să obțină promovarea în prima ligă. A jucat la U Cluj, pe care a părăsit-o în 2015, când a semnat cu Levski Sofia.
AEK Larnaca, Hapoel Bnei Lod, Ahi Nazareth și Viitorul Tg. Jiu au fost echipele pentru care a mai jucat Ducu Ninu până la finalul carierei.